根据市政府政策和审计系统审计职责，秦皇岛市审计局共设10个职能科室和1个事业单位，根据有关规定设有纪检组和机关党委：

(一)办公室
负责市政府审计工作规范性文件的草拟、修改和报批工作；负责全市审计系统宣传、信息、统计、规划、年度计划、综合调研等工作；负责局机关督办、机要、保密、文印、公文处理、档案管理；负责局机关行政管理，处理日常政务，管理财产及财务收支和行政后勤工作；负责有关重要会议的组织和有关报告、文件、管理制度的起草；承担市审计局举报中心和信访工作；负责市局机关人事劳资和老干部工作；协助县、区管理审计机关负责人；承办市人大代表建议、市政协委员提案事宜。

(二)法制科
参与全市财经方面政策制度的研究；组织对全市审计机关审计业务质量的监督检查；审理、复核市局机关的审计报告、审计意见书和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育；协助承办全市审计系统专业技术职称工作；编制并组织实施全市审计系统干部教育规划；指导县、区审计机关的法制工作；监督社会审计组织的审计业务质量。

(三)财政审计科
拟定市本级预算执行和其他财政收支审计工作总体方案；负责对市地方税务局组织征收市级税收情况的审计；负责对国家金库秦皇岛分库办理市级预算资金收纳拨付情况的审计；负责对市财政局、市地方税务局及其下属事业单位的财务收支审计；负责汇总审计情况并起草市本级预算执行情况的审计工作报告；负责对各县、区政府预算执行和决算的审计，对各县、区地方税务系统税收征收管理情况、国家金库市中心支库办理地方预算资金收纳拨付情况的审计；负责全市财政预算外资金的审计；指导全市财政审计业务。

(四)金融审计科
负责组织实施由省审计厅统一组织开展的对国家政策性银行、国有商业银行、国有保险公司及国家占控股地位的股份制商业银行、非银行金融分支机构的资产、负债和损益情况的审计；负责对市国际信托投资公司、市证券有限责任公司、市金融租赁公司及其分支机构和其他市属非银行金融机构的资产、负债和损益情况的审计；指导全市金融审计业务。

(五)行政事业审计科
负责审计与市财政有拨款关系的市委机关、市人大机关、市政协机关、市法院机关、市检察院机关及其他党派组织、社会团体的财政财务收支；负责审计市政府有关部门、直属事业单位及其下属单位的财务收支和有关专项资金；负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；负责组织全市审计机关对全市扶贫和农业综合开发资金的拨付、管理、使用情况的审计；指导全市行政事业和农业与资源环保审计业务。

(六)经贸审计科
负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责直接审计市属国有企业和国有控股企业，并组织对全市国有及国有控股企业的审计监督；组织对内部审计机构全年审计工作的指导和监督；指导全市经贸审计业务。

(七) 经济责任审计科
根据市纪委、市组织部的委托或政府指令，对全市党政领导干部的任期经济责任审计和国有企业厂长(经理)的离任审计；指导协调县、区审计机关经济责任审计工作的开展。

(八) 固定资产投资审计科
负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；对市重点建设项目的预算、概算执行情况和决算进行审计监督，组织对其他由国家直接投资、融资建设项目的审计监督；组织对省审计厅授权的建设项目和施工企业的审计监督；负责审计秦皇岛市建设投资公司的财务收支；组织对国有施工和房地产开发企业的审计监督；指导全市固定资产投资审计业务。

(九) 外资运用审计科
审计国际组织和外国政府贷款、援助、赠款项目的财务收支；向世界银行和亚洲开发银行提供援款、贷款项目审计公证报告；组织开展对国有资产占控股地位或主导地位的合资、合作企业和境外企业的审计；指导全市外资运用审计业务。

(十) 社会保障审计科
负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计县、区人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；指导全市社会保障审计业务。

事业单位： 基建中心

□  纪检组(监察室)
是市纪律检查委员会（监察局）派驻机构。负责制定局机关年度纪检监察工作计划；对局机关审计执法情况和廉政建设进行监督、检查，并提出建议；向市纪委、市监察局和本局领导报告工作，参加有关会议；组织案件的调查、处理、审核和上报案件处理意见。

□  机关党委。
负责局机关的党群工作。